Voor de structuur van de samenwerking is gekozen voor een
Bestuursconvenant en - per gekozen thema -bestuursopdrachten. Deze bestuursopdrachten zijn opgenomen in de Regionale Agenda.
Per onderwerp of project kunnen gemeenten kiezen om deel te nemen. Ook kunnen andere gemeenten of partijen meedoen. Dit houdt de samenwerking flexibel en op de juiste maat. Want alleen vrijwillig samenwerken op basis van gevoelde en erkende meerwaarde heeft kans van slagen. Een Bestuurlijke en een Ambtelijke regiegroep zorgen voor overzicht, planning en verantwoording.
De Ambtelijke Regiegroep (ARG) bestaat uit de gemeentesecretarissen van de deelnemende gemeenten. De ARG is verantwoordelijk voor de ambtelijke opstelling en uitvoering van de samenwerkingsagenda. Het Bestuurlijk Overleg Regio Amersfoort (BORA) is verantwoordelijk voor de regie op de samenwerking. Het BORA wordt gevormd door de burgemeesters van de deelnemende gemeenten, onder voorzitterschap van de burgemeester van Amersfoort. ARG en BORA worden ondersteund door het Bureau Regio Amersfoort (BRA). Het BRA organiseert daarnaast per gekozen samenwerkingsonderwerp een Bestuurlijk Overleg. De betreffende portefeuillehouders van de deelnemende gemeenten ontmoeten elkaar in dit overleg, voorgezeten door één van de leden van het BORA. Elk bestuurlijk overleg wordt voorafgegaan en voorbereid door een Ambtelijk Overleg bestaande uit ambtenaren van de deelnemende gemeenten en veelal vertegenwoordigers van andere relevante partners, zoals bijvoorbeeld de Kamer van Koophandel.